Pada mulanya SMA Negeri 49 Jakarta adalah sekolah filial SMA Negeri 28 Jakarta yang berdiri tanggal 17 September 1979, berdasarkan surat keputusan Kepala Kantor Wilayah DEPARTEMEN Pendidikan dan Kebudayaan Daerah Khusus Ibukota Jakarta Nomor : 21. PG/101.2B/R.79. SMAN 28 filial ini semua hanya memiliki : 90 siswa kelas I dibagi menjadi 3 kelas dengan 20 guru bidang studi dan 2 karyawan Tata Usaha. Sekolah ini dipimpin oleh Bapak Drs. Subroto sebagai Kepala Sekolah yang pertama. Karena keberhasilannya memimpin berbagai sekolah di Jakarta Beliau diberi kepercayaan menduduki jabatan penting di Kanwil Depdikbud DKI Jakarta sebagai Kepala Bagian Pendidikan Menengah Umum.

Dua tahun kemudian tepatnya tanggal 14 Juli 1981 berdasarkan surat keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan nomor : 220/0/1981 Sekolah filian SMA Negeri 49 Jakarta. Sebelum diresmikan, sekolah dipimpin oleh Bapak Dja’far Koamaruddin mulai tanggal 16 Januari 1980 menggantikan Bapak Drs. Subroto sebagai kepala sekolah ini hampir 9 tahun selalu rekor masa jabatan baru berdiri SMA Negeri 49 Jakarta tentunya masih banyak masalah – masalah yang dihadapi, pada akhirnya secara bertahap semuanya dapat diatasi.

Kemudian pada tanggal 2 Desember 1988 terjadi pergantian kepemimpinan di SMA Negeri 49 Jakarta. Bapak Dja’far Koamaruddin diganti oleh Bapak Syaridin Saz sebagai Kepala Sekolah yang ketiga. Beliau bekerja dan berjuang tidak mengenal lelah membenahi masalah – masalah yang belum dapat diselesaikan. Beberapa terobosan dan usaha – usaha beliau laksanakan untuk memajukan SMA Negeri 49 Jakarta, saying sekali karena beliau hanya diberi kesempatan memimpin sekolah ini selama tiga tahun selanjutnya pada tanggal 07 Januari 1992 Bapak Drs. Syaridin Saz digantikan oleh Dra. Oetami Soesilo Darmo sebagai Kepala Sekolah SMA Negeri 49 Jakarta keempat. Sebagai kepala sekolah wanita beliau adalah seorang Ibu yang penuh semangat senantiasa berjuang dan berusaha untuk lebih dapat memajukan SMA Negeri 49 Jakarta, khususnya untuk meningkatkan kualitas akademik para siswa. Masa kepemimpinan beliau waktunya sangat singkat + 2 tahun, karena beliau mendapat tugas baru untuk memimpin Sekolah Indonesia di Luar Negeri di Filipina.

Berikutnya pada tanggal 17 September Ibu Dra. Oetami Soesilo Darmo digantikan oleh Bapak Drs. Djamil Kurdi sebagai Kepala Sekolah SMA Negeri 49 Jakarta yang kelima. Pada masa kepemimpinan beliau, persentase penerimaan Perguruan Tinggi Negeri mulai menunjukkan adanya peningatan yang berarti, suatu prestasi yang dapat dibanggakan. Kemudian pada tanggal 07 Agustus 1996 Bapak Drs. Djamil Kurdi digantikan oleh Bapak Sungeb sebagai Kepala SMA Negeri 49 Jakarta yang keenam. Disekolah ini beliau mengawali karir sebagai kepala sekolah, beliau pernah menyandang gelar Guru Teladan Nasional. Dengan bekal pengalaman dibidang pendidikan, beliau berusaha dan bertekad menjadikan SMA Negeri 49 Jakarta menjadi sekolah yang berkualitas, beliau menekankan perhatiannya pada proses kegiatan Belajar Mengajar. Waktu efektif belajar harus digunakan seefektif mungkin. siswa dipacu untuk belajar, belajar dan belajar, tiada hari tanpa belajar. Alhamdulillah, dalam masa kepemimpinan beliau banyak kemajuan – kemajuan yang berhasil dicapai.

Pada tanggal 20 Januari 2001 Bapak Abdul Sungeb digantikan oleh Bapak Drs. H. Imam Suradi sebagai Kepala Sekolah SMA Negeri 49 Jakarta yang ketujuh. Dalam melaksanakan tugasnya di SMA Negeri 49 Jakarta beliau lebih menekankan kepada “Transparansi” dalam hal mewujudkan sekolah yang Bersih Transparan Profesional ( BTP ) dan sebagai seorang pemimpin yang senantiasa “Tut Wuri Handayani”. Setelah tujuh kali pergantian.

Tepat tanggal 1 September, Beliau memasuki masa paripurna, yang selanjutnya puncak pimpinan SMA Negeri 49 Jakarta diserahkan kepada Ibu Dra. Hardjanti Nidaryawati sebagai PLH Kepala SMA Negeri 49 Jakarta sejak tanggal 1 September 2004 s/d Oktober 2004.

Kepala Sekolah yang menjabat berikutnya adalah :

8. 2004-2007  Drs. Acep Zaenal Abidin

9. 2007-2010  Drs.H.Satiry Satar

10. 2010-2012  Drs. Rukiman Lumban Batu

11. 2012-2015  Drs. Sugiono, M.Si

12. 2015-2016  Dra.Rusmala Nainggolan, M.Pd

13. 2016-2016  Dra.Nurhayati Idris

14. 2016-2019  Rachmat Abdus Syukur, S.Pd

15. 2019-2021  Dra. Sofiah Riski, M.Pd

16. 2021-2022  Kusnyoto, S.Pd

17. 2022-sekarang  Siswanto, S.Pd